本作是遊戲王系列作(繼《遊戲王-怪獸之決鬥》、《遊戲王GX》)的第三部作品,同時也是集英社《週刊少年Jump》創刊40周年及《V Jump》15周年紀念作品。與前兩作不同,本作的舞臺是以武藤遊戲所在年代數十年後的童實野市為背景,名叫「新童實野市」。這裡是一個根據身份高低分為上層地帶和下層地帶的階級社會,流行用「D輪(D Wheel)」之稱的摩托車型決鬥裝置來進行「騎乘決鬥(Riding Duel)」。劇中「騎著摩托車決鬥」的概念造成了話題。雖然本作是以騎著摩托車進行決鬥的「騎乘決鬥(Riding Duel)」為主,但並不是所有決鬥都是騎著摩托車進行,系列作以往的站立式決鬥也會出現。
本作主標題去掉了歷代以來「怪獸之決鬥(Duel Monsters)」字樣,「遊戲王」LOGO也使用了全新的設計,雖然如此本作也繼承了將這個世界裏的卡片遊戲稱為「怪獸之決鬥」的說法。至今為止在動畫裏被使用過的卡片不久後會在公式化裏出現,然而本作的主角們使用的卡片有可能同一時間在公式化中也能玩到。因此與「遊戲王5D's Official Card Game」的綁定性也提高了。
舞台設定以及構想基礎皆來自「遊戲王」原作者高橋和希的初案,高橋也著手於主要角色、主要怪獸卡、D輪等設計。「讓舞台擴大到世界規模,其移動手段是必要的準備」、「前兩作普通決鬥已經淋漓盡致了,若要做續篇的話,想挑戰新的決鬥方式」等理由讓D輪以及騎乘決鬥成為本作主軸而被製作出來。高橋自己打算在前作「GX」中為「遊戲王」做結尾,但系列作發展超過高橋一人的範圍,牽涉到跨媒體的平台(ACG、原聲帶、集換式卡片),又因為和動畫製作組有熟識,各個原因之下,以最終工作的精神承接本作。
故事原案是高橋以前繪製的漫畫草案。此時已奠定「燃燒的納斯卡線不斷冒出巨大的敵方同時對著五個騎車馳聘的戰士戰鬥」的概念,五個戰士會被下一代繼承也是共通的設定。此外,高橋提供的想法僅到黑暗者篇為止,WRGP故事的部分全由動畫製作組去著手。高橋以「故事最終的高潮讓人相當欽佩」等話來評價動畫製作組。