不過,關於肉骨粉感染,科學家仍有些疑問。例如當時英國與美國境內都有羊隻罹患羊搔癢症,而且有不少病羊被製成肉骨粉,何以英國牛隻感染狂牛症的比例遠遠高於美國?台灣大學獸醫系名譽教授賴秀穗表示,羊搔癢症和狂牛症現在認為是體內帶有感染性的變性蛋白,而羊搔痕症的血清型至少有 15 種,不同種血清型的變性蛋白結構可能略有不同,使得有些肉骨粉會感染牛隻,有些不會;部份學者則認為與飼主餵食肉骨粉的時間有關:英國在小牛出生後兩星期即開始餵食肉骨粉,美國則是出生 6~7 個月後才餵食,有可能是幼小牛隻對變性蛋白的感受力較強。
此外,科學家也發現在禁止使用肉骨粉餵食後,近幾年仍有不曾吃肉骨粉而感染狂牛症的牛隻。英國流行病學調查結果發現,變性蛋白可經母牛傳給下一代,其感染機率約為 10%,另外以基因轉殖鼠做變性蛋白感染試驗,也證實變性蛋白可以由母鼠傳給子鼠。所幸垂直傳染機率不高,對狂牛症的疫情影響不大。
狂牛症與羊搔癢症的致病機制目前認為是普恩蛋白(prion protein, PrPC)變性而導致的疾病。在目前研究的動物中,人類、牛、羊等均具有製造普恩蛋白的基因,它最主要出現在神經組織內,作用可能是維持正常的神經功能。普恩蛋白有正常型(PrPC)與變性型(PrPSC)兩種型態,二者結構不同,後者可以抵抗某些酵素、熱、輻射與化學物質,換言之,即使經高溫烹煮,變性普恩蛋白仍能維持活性。
變性普恩蛋白增生方式不像細菌或病毒是利用核酸複製子代,而是透過某種未知方法,影響正常型普恩蛋白變性而增生。當牛隻經食入而感染變性普恩蛋白後,可能先在迴腸末端增生,然後經過迷走神經、內臟神經等周圍神經一步步蔓延到脊髓及腦部。至於如何蔓延,有一論點是淋巴球帶著變性普恩蛋白,循著血液或淋巴液到達;不過,變性普恩蛋白擴散速率平均每天只有一毫米,發病時間須要數年之久,但淋巴球移動速度不會這麼慢,所以實際情形為何,還需進一步研究。
一旦變性普恩蛋白增多,體內細胞會將它移除,然而增加速度若遠大於移除速度,便會導致蛋白質堆疊而撐破細胞,此即患畜腦部顯現出類似海綿構造的原因。