大型副本，從字面意義來看，就是需要多人組隊進行，隨著主線任務循序漸進的往前邁進，每一張地圖的故事末端都會有個大型副本任務等待玩家組隊闖關，而此副本最為刺激的部分，就是融合了該張地圖上所有的菁英怪，來場智慧的角力混戰，例如在海妖之島的副本內，守住最後一道防線的終極 Boss 則是有著海神大祭司之稱的六頭女妖掌舵，玩家與隊友在此副本內必須有著極佳的作戰計畫，防止被突如其來的女妖頭顱給吞噬，當然，獎勵絕對是優於打怪時所掉的寶。
為了豐富遊戲的內容玩法，加強玩家之間的緊密度，《奇幻編年史Online》目前共設計出 7 個大型副本，4 個微型副本，研發團隊也在副本內設計有如 TV Game 中動作遊戲才能玩到的操作快感，讓副本任務不再只有盲目的清怪、撿寶，反而更能提升隊友之間的默契值。例如在噬心魔洞穴內，噬心巨魔的戰鬥會是所有玩家的噩夢，有無數的觸手會從泥沼之中伸出，神出鬼沒的侵襲在此副本內的玩家們，如何在此副本內運用自身的角色進行跳躍、閃避、翻滾、衝刺，逃過噬心巨魔無處不在的觸手攻擊，將會是玩家們最難的一門課題 。
