俄羅斯的西伯利亞鐵路列車上，發生病毒大流行事件，造成許多人喪生。而這個病毒被一位名叫麻耶的女性帶進日本，這個女性所屬的組織，企圖利用這種病毒進行名為「血色星期一」的恐怖攻擊。少年高木藤丸的父親所隸屬的政府祕密組織察覺這件事情，而正在進行調查，沒想到敵方組織已經先行下手，將藤丸的父親誣賴為殺人犯，而接下來他們的目標，就是已經知道部份祕密的藤丸……。